Zajednička komanda za Kosovo i Metohiju izdala je jedinicama Prištinskog korpusa, 23. marta 1999. godine, “Zapovest za podršku snaga MUP-a u razbijanju i uništenju ŠTS u rejonu Orahovac, Suva Reka i V. Kruša”, u kojoj se kao zadatak 549. motorizovane brigade (mtbr) određuje:

Na osnovu ove zapovesti Zajedničke komande, komandant 549. mtbr Božidar Delić je 23. marta 1999. godine izdao “Zapovest za uništenje ŠTS u širem rejonu s. Retimlje, deblokadu komunikacije Suva Reka – Orahovac i uspostavu kontrole teritorije”, u kojoj je izdao zadatak Borbenoj grupi 2, da u saradnji sa 4. četom Posebnih jedinica policija Đakovica, “energičnim napadom izvrši[ti] pretres s. Bela Crkva, izbijanje na liniju Brnjača.

Delić i komandant 2. motorizovanog bataljona Vlatko Vuković, svedočeći u predmetu Šainović i dr, naveli su da su sa svojim jedinicama, 25. marta 1999. godine prošli kroz Belu Crkvu, ali da VJ nije preduzimala bilo kakva dejstva u selu u tom periodu. Svedočeći u predmetu Milošević, Delić je izjavio: “Moja jedinica je u Beloj Crkvi bila samo 25. znači, marta. Posle toga je produžila dejstva na drugim pravcima. Ja sam kroz Belu Crkvu prolazio i sledećih dana… sve do 4. aprila”, a na Miloševićevo pitanje: “Da li ste i tih narednih dana zapazili bilo kakve promene tamo ili bilo šta da se dešavalo u Beloj Crkvi?”, Delić je odgovorio:“Što se mene tiče, znači, sasvim je bilo, mislim, normalno sam prošao kao i prvog dana, ništa primetio nisam.” Vuković je dodao i da VJ nije vršila pretres
sela, pošto je to već bio uradio 23. odred Posebnih jedinica policije Đakovica,
kao i da je ubeđen da nije bilo ubistava Albanaca u Beloj Crkvi jer je on tada
bio na tom području.

Suprotno tome, u Ratnom dnevniku 2. motorizovanog bataljona 549. mtbr, za 25. mart, zapisano je:„Blokirana su i očišćena sela Bela Crkva, Celina, Nogavac i deo V. Kruše.“

U “Analizi dejstva 549. mtbr na uništenju ŠTS u širem rejonu Retimlja i deblokadi komunikacije Suva Reka – Orahovac”, od 30. marta 1999. godine, navodi se da je:

Prema izjavama stanovnika sela I. Z. i S. P., 25. marta 1999. godine, oko 03:30 sati, pripadnici srpskih snaga, uz pratnju tenkova, ušli su u selo. Pola sata kasnije, oni su otvorili vatru pucajući iznad krovova kuća, što je Z. protumačio kao upozorenje meštanima da napuste selo, kako su oni mahom i učinili. Više stotina stanovnika Bele Crkve, među kojima je bilo i mnogo maloletnih lica, pobegli su i skrivali se na više skrovitih mesta u koritu potoka Belaja. Tog jutra, dok se nalazio u koritu potoka Belaja, S. P. je čuo rafalne pucnje iz pravca donjeg toka potoka prema asfaltnom putu. S mesta na kojem se krio, udaljenog oko 120 metara, S. P. je video da se policajci približavaju grupi od 13 albanskih civila koje je poznavao. Čuo je kako policajci viču na njih: “Jebaćemo vam mater” i “Tražite sada da vam NATO pomogne.” Zatim su na te ljude otvorili vatru iz automata. Tom prilikom su ubili pet članova porodice Z. i sedam članova porodice S. Streljanje je preživeo četvorogodišnji S. Z.
Oko 09:00 časova, više pripadnika srpskih snaga pronašli su i opkolili Albance koji su se skrivali u koritu potoka Belaja. Jednu veću grupu pronašli su u koritu potoka Belaja, ispod železničkog mosta na pruzi koja povezuje selo Zrze sa Prizrenom, prema selu Rogovo, nedaleko od glavnog puta Prizren - Đakovica. Naterali su ih da skinu svu odeću i ostanu samo u donjem vešu. Nasilno su odvojili muškarce od žena i dece. Pretukli su ih i opljačkali im novac, nakit, ručne časovnike. Svima su oduzeli lična dokumenta i druge identifikacione isprave i pocepali ih. Glavni među policajcima je ženama i deci rekao da idu duž železničke pruge u pravcu Zrza. Prema rečima I. Z.: „...jedan od uniformisanih lica snažno [je] udario puškom i oborio S. P. (18)… Zatim ga je zgazio i držao na zemlji. Reagovao je doktor N. P. rekavši ‘pustite dečka, on nije kriv...’. Istog trenutka jedan od uniformisanih ljudi koji je bio krupan i dosta visok, imao karakteristično izbačenu vilicu, svojih 30-tih godina, ispalio je rafal iz automatske puške i prvo ubio doktora N.P. a potom i S. P. Mi smo odmah legli pored kanala a rafali nisu prestajali. Neki su pokušali da beže, ali su odmah ubijeni. Ja se nisam pomerao, međutim zakačio me jedan metak na predelu gornjeg dela moje desne ruke. Dok sam ležeći krvario na mene su pala tela tri ubijena muškarca. Nakon prestanka rafalne pucnjave i male pauze čuo sam više pojedinačnih pucnjava. Nisam mogao videti ko i zašto to čini, ali sam pretpostavio da su pucali na mrtve da nekim slučajem neko ne ostane živ.”
Istog dana, oko 11:00 časova, dve žene, F.P. i Z.P, otišle su do potoka gde su bili zadržani muškarci iz njihovog sela. Prema tvrdnji F.P, nakon što su se uverile da kod potoka više nema pripadnika srpskih snaga, one su se „približile i videle smo puno ubijenih ali bilo ih je i ranjenih. Nakon toga odmah smo se vratile u Zrze i javili nekim ženama iz našeg sela i zajedno sa A. K., N., N.P. kao i F. Z. i da opet odemo u to polje i da povučemo ranjene sa tog polja. U tom polju videla sam oko 70 muškaraca i dva moja ubijena sina - S. i A., kao i devere N. i N.P.a deverov sin A. P. bio je ranjen. Mi smo onda povukli ranjene A. P., H.P., D. i J. Z., F. P. kao i S. P. i ubacili smo ih u traktor A.K.i odvezli smo ih u Zrze. U tom polju ja sam videla moje sinove ubijene, S. i A., a nisam mogla ni da ih pomerim."
*Opis zločina je zasnovan na izjavama preživelih žrtava zločina, očevidaca i članova porodica žrtava datim Fondu za Humanitarno pravo, nacionalnom sudu ili Međunarodnom krivičnom sudu za bivšu Jugoslaviju (MKSJ); forenzičkim izveštajima; presudama i transkriptima sa suđenja pred MKSJ, medijskim izveštajima i drugim dokumentima.